实际控制权认定成协商焦点
在最近这次处罚之前的2个月前，阿里巴巴在台湾的B2B国际交易站业务(alibba.com)已经受到台湾方面的处罚，开出12万元新台币罚款，理由同样是以外资身份入台而尚未补交陆资材料。
而事实上，按照台湾当时的法规，淘宝网台湾分公司和B2B国际交易站在申请注册时均是符合当地法规的。
2009年，在“两岸人民关系条例”中，中国台湾经济部门开放陆资来台政策，并对陆资企业赴台投资提出了更多要求，除了要像外资一样进行申请外，还需提交举证文件等更多资料，申请程序相对更复杂。
而阿里的B2B业务在台湾的申请注册时间为2008年，早于该条例，当时是以注册地新加坡为申请主体，以外资身份入台。
当年的申请很顺利地获得了审批，到了2013年，淘宝网同样以外资(香港)身份申请入台开办分公司，也获得了批准。
直到2014年9月阿里巴巴集团登陆纽交所后，其股权结构和合伙人制度得到详细披露，两家涉事公司同属于阿里巴巴集团。中国台湾经济部门认为阿里为陆资身份，应该按法规补交陆资申请文件，否则将要求其从台湾撤资。
双方的争议点就聚焦在阿里巴巴的身份上，究竟属于外资还是陆资?按照台湾当地法规认定，企业中大陆法人或自然人或合计持股超过30%就认定是陆资;同时，如果认定大陆企业或自然人对一个企业有“实质控制力”，也可视其为陆资。
事实上，阿里巴巴的合伙人制度是台湾方面做出上述界定的重要因素之一，由此认为公司实际控制人是大陆身份，且公司隐瞒了陆资身份。但马云2015年3月份去台湾时曾说：“阿里巴巴在中国大陆被认为是外资企业，美国商务部长说阿里巴巴是中国企业，现在台湾又给我一个陆资企业的身份。我已经糊涂了。”
阿里台湾业务未受影响
对此，阿里官方在给第一财经客户端记者的回应中称，正在和相关主管部门进行相当良好的沟通，希望通过适合的方式持续提供最好的服务给台湾卖家和商家。
2015年3月，阿里曾在官方回应中说，新加坡阿里巴巴电子商务股份有限公司是于开曼群岛注册的阿里巴巴网络有限公司的全资子公司，入台遵照合法程序进行，并不存在任何隐瞒。
据记者了解，阿里方面已经缴纳了3月针对B2B国际交易站开具的12万元新台币罚款，但同时也对此提出诉愿。
目前，并非阿里巴巴一家企业在台湾遇到了这一问题，其他涉及“身份问题”的公司也在和台湾经济部门下辖的“投审会”进行沟通。是补交陆资手续，还是重新设立公司，目前尚无达成定论。
眼下，越来越多的台湾中小企业借助alibaba.com这个B2B平台将台湾货销往全世界，而更多的台湾消费者在使用淘宝网购买大陆商品。
根据2014年“双十一”的数据，阿里当天与全世界217个国家和地区实现了商品的在线交易，其中台湾的交易额在海外市场中排名第四，展现出当地对淘宝网和大陆商品的旺盛需求。
而正在积极开拓全球化的天猫国际B2C进口平台，也引入了台湾食品领域的塘村、樱桃爷爷，以及台湾最大的女性购物网站Payeasy等商户入驻，两岸的商品交流频繁。
据台湾当地消费者对第一财经客户端记者描述，电商平台在台湾已经很成熟，消费者的选择性较多，除了淘宝网外，台湾人还喜欢在一些当地的网上商城购物，比如PChome线上购物(与大陆的PChome网站无关)、MoMo购物中心等，以及雅虎购物中心，还包括一些美妆、服饰等当地垂直类线上平台。
目前，阿里巴巴在台湾的业务并未受此事影响。
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